La bandera de Marmolejo es rectangular y de tafetán. El color blanco es el predominante y señala las cualidades humanas como la pureza, la paz y la idiosincrasia de los pueblos andaluces. Además, con este color se deja constancia del valor de las aguas de Marmolejo, seña de identidad del municipio. El color verde oliva se ubica en la parte más alejada del mástil, dispuesto en una franja vertical. Este color unifica los dos pilares básicos de la economía de Marmolejo: la agricultura, con el cultivo del olivar en primer lugar, y los productos hortofrutícolas en segundo término. Además, con este color se reconoce la virtud de los pueblos del sur de confiar en la esperanza en el futuro. En el centro geométrico de la bandera se sitúa el escudo oficial de la villa de Marmolejo.